Guardiola memutuskan mundur sebagai pelatih Barcelona akhir musim lalu dengan alasan ingin beristirahat sejenak dari dunia sepakbola.
Pep menjadi pelatih terbaik sepanjang masa Barca dengan mempersembahkan 14 gelar selama empat musim masa baktinya bersama Blaugrana.
Dalam upacara penganugeraah Ballon d'Or beberapa waktu lalu, Pep menyebut dirinya siap kembali melatih musim depan.
Hal itu melecut semangat klub-klub raksasa Eropa untuk mendapatkan tandatangannya, diantaranya Manchester City, AC Milan, dan Chelsea.
Namun, Pep justru menjatuhkan pilihannya pada Bayern Munchen sebagai klub labuhan barunya. Pria asal Spanyol itu dikontrak selama tiga musim bersama The Bavarians.
"Kami sangat senang karena kami mampu mendapatkan Pep Guardiola, yang didekati oleh banyak klub besar," ungkap chairman Bayern, Karl-Heinz Rummenigge, seperti dilansir situs resmi UEFA.
"Guardiola adalah salah satu pelatih tersukses di dunia dan kami yakin dia akan meningkatkan daya tarik, bukan cuma untuk Bayern, tapi juga sepakbola Jerman secara umum. Kami menantikan kerja sama dengannya mulai Juli 2013," ia menambahkan.
Pep menggantikan pelatih Jupp Heynckes yang kontraknya kadaluarsa musim depan. Sebelum Munchen mengontrak Guardiola, Jupp sudah memutuskan pensiun dari dunia sepakbola.