Memulai race dari tempat kelima, pebalap Spanyol itu langsung mendominasi di posisi terdepan. Ia sukses melewati sang pemegang pole position Marc Marquez dan juara bertahan Jorge Lorenzo.
Sempat diganggu oleh Lorenzo di lap ketiga dan kelima, Pedrosa sekali lagi berhasil mempertahankan posisi terdepan dan terus menjauh dari kejaran pebalap lainnya.
Pertarungan sengit untuk memperebutkan posisi kedua terjadi antara Marc Marquez dan Lorenzo. Kedua pebalap beberapa kali terlibat aksi overtaking seru saat balapan saat menyisakan 10 lap terakhir.
Dengan pengalamannya, Lorenzo yang merupakan juara tahun lalu di Sepang, mengenal betul karakter sirkuit dengan panjang 5,5 km itu, sehingga bisa mengatasi perlawan Marquez dan mempertahankan posisi kedua.
Hingga menyentuh garis finish, berturut-turut finish Pedrosa di posisi pertama dengan raihan waktu 40 menit 45,191 detik atau lebih cepat 2,757 detik dari rekan setimnya Marc Marquez dan berbeda 6,66 detik dari pebalap Yamaha Jorge Lorenzo.
Di posisi keempat ada Valentino Rossi dan Alvari Bautista yang melengkapi barisan lima besar.
Kemenangan ketiga Pedrosa ini tak merubah posisinya di tempat ketiga klasmen pebalap sementara dengan koleksi 244 poin. Finish di posisi kedua, Lorenzo masih berada di posisi runner up dengan 255 poin, sementara Marc Marquez yang finish kedua belum tergeser dari puncak klasmen dengan 298 poin.
Marquez berpeluang besar meraih gelar juara MotoGP musim ini jika ia bisa memenangi seri Australia, karena perolehan poinnya saat ini berbeda 43 poin dari Lorenzo.
Berikut Hasil Balap MotoGP Malaysia:
Pebalap tim waktu
1. Dani PEDROSA Repsol Honda Team 40'45.191
2. Marc MARQUEZ Repsol Honda Team +2.757
3. Jorge LORENZO Yamaha Factory Racing +6.669
4. Valentino ROSSI Yamaha Factory Racing +10.351
5. Alvaro BAUTISTA GO&FUN Honda Gresini +22.149
6. Cal CRUTCHLOW Monster Yamaha Tech 3 +22.301
7. Bradley SMITH Monster Yamaha Tech 3 +30.864
8. Andrea DOVIZIOSO Ducati Team Ducati +45.111
9. Aleix ESPARGARO Power Electronics Aspar +59.264
10. Yonny HERNANDEZ Ignite Pramac Racing +1'01.417
11. Hiroshi AOYAMA Avintia Blusens +1'03.665
12. Randy DE PUNIET Power Electronics Aspar +1'14.256
13. Claudio CORTI NGM Mobile Forward Racing +1'21.603
14. Hector BARBERA Avintia Blusens +1'27.976
15. Colin EDWARDS NGM Mobile Forward Racing +1'29.442
16. Danilo PETRUCCI Came IodaRacing Project +1'29.551
17. Luca SCASSA Cardion AB Motoracing +1'47.930
18. Bryan STARING GO&FUN Honda Gresini +1'52.927
Sumber: motogp